症状固定後は、急いで医師に認定基準に従った後遺障害診断書（用紙は損害保険会社にあります）を作成してもらいます。後遺障害診断書は、作成に1週間～10日程かかる場合もあります。加害者が任意保険に加入している場合、後遺障害等級認定申請をする方法は次の2つがあり、どちらかを選択できます。
被害者請求とは、後遺障害診断書と受傷時のＸ-Ｐ・ＣＴ・ＭＲＩ、症状固定時のＸ-Ｐ・ＣＴ・ＭＲＩを医療機関から被害者自身が貸し出しを受け、加害者の加入する自賠責保険会社に対して後遺障害等級の認定申請をする方法です。被害者請求の場合は、等級の認定通知は直接被害者になされ、被害者の口座に振込みがなされます。したがって、示談に至らなくても、ある程度まとまったお金が支払われますので、余裕をもって示談交渉にあたれます。
事前認定とは、加害者の加入する任意保険会社に後遺障害診断書を提出し、依頼する方法でほとんどの被害者の方はこの事前認定を行っているのが実情です。事前認定の場合は、等級の認定通知は任意保険会社になされ、被害者は任意保険会社から等級の認定通知を受け、その等級に基づく損害賠償額で合意しない限り、お金は振込まれません。
認定自体は、損害保険料率算出機構（旧自算会）の調査事務所が行います。
自賠責保険、労災保険共に受傷後6ヵ月を経過した時点で後遺障害の申請が可能です。後遺障害等級認定後、リハビリによって数年後に元どおりの生活ができるようになっても、受け取ったお金を返す必要はありません。あくまでもその時点での後遺障害がどう評価されるかということです。加害者が自賠責保険だけでなく、任意保険にも加入している場合は、自賠責保険で認定された後遺障害等級に任意保険も従うことになっています。
自賠責保険会社、あるいは任意保険会社が後遺障害診断書、Ｘ-Ｐ、ＭＲＩなどの資料を損害保険料率算出機構の自賠責保険損害調査事務所に送付します。
自賠責保険損害調査事務所は、提出された資料をもとに後遺障害等級（非該当）を判断します。高度な専門的知識が要求され判断が困難な事案および異議申立事案は、特定事案として自賠責保険（共済）審査会において審査が行われます。
自賠責保険（共済）審査会は、審査の客観性・専門性を確保するため、日本弁護士連合会が推薦する弁護士、専門医、学識経験者等の専門家が審議に参加して、有無責（運行供用者責任の有無など）等の専門部会と後遺障害の専門部会に分けて審査をしています。
自賠責保険損害調査事務所から、自賠責保険会社、あるいは任意保険会社に後遺障害等級認定の結果が送付されます。